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核酸染料

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核酸染料

  • 所属分类:生化试剂

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  • 发布日期:2018/07/05
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详细介绍

核酸染料

核酸染料是一种灵敏、稳定和相对安全的荧光核酸染色试剂。它可以替代高毒性染色剂-溴化乙锭(EB),用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶中dsDNA和ssDNA的染色。核酸染料的灵敏度远高于EB,并且不需要脱色。由于核酸染料和EB有相同的光谱特性,因此用它替代EB时不需要更换成像系统。

核酸染料既可用于预制凝胶也可用于电泳后染色。通常电泳后染色的灵敏度更高,并能排除染料对DNA迁移的干扰。使用核酸染料进行电泳后染色,操作简单不需要脱色和特殊溶液。只要将染料稀释在0.1M NaCl中,并将凝胶置于染色液中,30分钟后就可以观察。染色液在室温下极为稳定,可以多次反复使用。相比而言,预制凝胶由于不需要额外染色过程,因此染料用量更少,更为简单经济。

除了无与伦比的灵敏度和稳定性外,独立实验室的毒性测试也显示,在凝胶染色的浓度下,核酸染料没有诱变性和细胞毒性。核酸染料安全性的关键在于它对于细胞膜完全没有通透性。

染料特点:

1、无毒性:核酸染料独特的油性和大分子量特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内,艾姆斯氏试验结果也表明,该染料的诱变性远远小于EB。

2、灵敏度高:适用于各种大小片段的电泳染色,对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。

3、稳定性高: 适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶;室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定,耐光性强。

4、信噪比高:样品荧光信号强,背景信号低。

5、操作简单:与 EB 一样,在预制胶和电泳过程中染料不降解;而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗 ,即可直接用紫外凝胶透射仪观察。

6、适用范围广:可选择电泳前染色(胶染法)或电泳后染色(泡染法);适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳;可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。

与EB有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置:标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用,使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可。但是SolarRed不能被488 nm氩离子激光器或相似波长的可见光完全激发,因此不推荐使用此类激发装置的成像系统。对于此类装置,我们推荐您使用gelGreen (Cat# G5570),它和SYBR Green I 的光谱相似,灵敏度相当,但更加稳定。

核酸染料使用方法简介

1.胶染法(用法同EB)(推荐方法)

(1) 制胶时加入核酸染料核酸染料(例如:每50mL 琼脂糖溶液中加入5μL核酸染料 10,000× 储液,以此比例类推)。

(2) 按照常规方法进行电泳。

注意事项:

(1) 此方法染色染料用量相对较少。500 μL染料大约可以做100块 50mL的胶。

(2) 由于核酸染料具有良好的热稳定性,可以在热的琼脂糖溶液中直接添加,而不需要等待溶液冷却。摇晃,振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将核酸染料储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中,然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。核酸染料兼容几乎所有常用的电泳缓冲溶液。

(3) 如果总是看到条带弥散或分离不理想,建议使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在,则说明问题与染料无关,请尝试:降低琼脂糖浓度;选用更长的凝胶;延长凝胶时间以保证边缘清晰;改进上样技巧或选择泡染法染色。

(4) 此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶,对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。

2.泡染法

(1) 按照常规方法进行电泳。

(2) 用H2O将核酸染料 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl中,制成3× 染色液。(例如将15μL 核酸染料 10,000× 储液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中)。

(3) 将凝胶小心地放入合适的容器中,如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3× 染色液浸没凝胶。室温振荡染色30min左右,染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5~10%丙烯酰胺的凝胶,染色时间通常介于30min到1h,并随丙烯酰胺含量增加而延长。

注意事项:

(1) 用泡染法染色时,染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右。

(2) 3×核酸染料染色液可以大量制备,在室温下避光保存直至用完。

特别提醒:

(1) 如果您使用的是紫外成像仪,请选择核酸染料 ;如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测,请选择SolarGelGreen。

(2) 在极少数情况下,质粒经某些酶切后的DNA样品会出现拖尾和分辨率降低,此时建议同时尝试两种染色方法以决定哪种方法更加合适。

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